A Casa dos Arcos faz parte da história da família nobre Mendonça Corte-Real, que era a principal possuidora de terras agrícolas e que desempenhava os principais cargos na região.
O terramoto de 1 de Novembro de 1755 destruiu quase completamente as casas situadas dentro das muralhas do castelo de Albufeira. Por isso, o Juiz José de Mendonça, na segunda metade do século XVIII, mandou construir o seu palacete na sua propriedade já fora das muralhas e mais afastada da costa.